由于气候干旱等原因,近年来湖体水位持续下降,水面减少约300平方公里,导致湿地萎缩,湖区生态环境退化。从2000年至2009年,呼伦湖的水位已经下降了约4.6米,平均每年下降50厘米!呼伦湖水域面积缩减了477平方公里,比历史最大面积2339平方公里缩减了20%;相应湖蓄水量不足70亿立方米,比历史最大蓄水量138.5亿立方米减少了一半。
蓄水量减少使得水域污染严重,据相关资料显示,湖水Ph值由上世纪60年代的8.5上升为目前的9.1,碱度由2.28每升毫克当量上升到11.09,含盐量由千分之0.7上升到千分之1.6。碱化的湖水让三种鱼类已经灭绝,它们分别是细鳞鱼、蒙古红幽和哲罗鱼。
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